تعين الرئاسة الكنسية بالتشاور مع آباء كهنة الكنيسة الأرثوذكسية رئيساً للمجلس من بين الأعضاء المنتخبين والمعينين، وينتخبأعضاء المجلس فى الجلسة الأولى من بين أعضائه كل من نائب الرئيس والسكرتير، بالإضافة إلى المسئول المالى وأمين الصندوق، كما تبلغ عضوية المجلس 4 سنوات ويجوز لمن انتهت عضويته بمجلس الكنيسة إعادة الترشيح لمدة واحدة.
وبالإضافة إلى المكتب التنفيذى، يشكل المجلس من بين أعضائه مقررى اللجان الفرعية الأتية:
لجنة السكرتارية – لجنة الشئون المالية – لجنة الشئون الإدارية – لجنة الشئون الهندسية – لجنة المشروعات الخدمية – لجنة الرعايةالاجتماعية – لجنة الخدمة الكنسية – اللجنة القانونية.
ويمكن إضافة لجان أخرى أو دمج أكثر من لجنة حسب إحتياجات كل كنيسة وبموافقة الرئاسة الكنسية.
وتنص المادة (36) من لائحة مجالس الكنائس لكل عضو من المصلين أن يتقدم برغبته في الانضمام إلىاللجنة أو اللجان التي تناسبه ويفحص المكتب التنفيذي للمجلس هذه الرغبات، وتنسق بينها، وتقدم إلىالمجلس الأسماء المقترحة لعضوية اللجان لإقرارها، بحيث لا يقل عدد أعضاء اللجنة عن ثلاثة ولا يزيد على خمسة. وتنص المادة (37) أنه يجوز أن تستعين أي لجنة بمن تراه من الخبراء والمستشارين من غير أعضاء المجلس أو المصلين، وذلك بموافقة المجلس. وتنص المادة (38) أنه تعتبر ما تقدمه اللجان توصيات أو إقتراحات لا يعتبر شيء منها قرارًا نهائيا إلا بعدعرضه على المجلس وموافقة المجلس عليه.
أما المادة (39) فتنص أنه لرئيس مجلس الكنيسة أو نائبه الحق في دعوة اللجان للانعقاد وحضور اجتماعاتاللجان ويتولى رئاستها والاشتراك في مناقشتها.
