تحتفى كنيسة مارمرقس فى المعادى بثلاثة من الباباوات لهم بصمات رعوية حيث تم تدشين مذبحين وأيقونات بها بيد قداسة البابا وعشرة من أحبار الكنيسة، وذلك في مناسبة اليوبيل الذهبي لإنشائها.
وكان القديس البابا كيرلس السادس قد منح طرس البركة لبناء هذه الكنيسة واعتمد تشكيل لجنة البناء في 28 يناير 1969 م، وهو من أسماها باسم القديس مار مرقس الرسول، وصدر بعدها قرار من رئيس الجمهورية رقم 1105 لسنة 1973 بالترخيص لإنشاء هذه الكنيسة وذلك بتاريخ 17 يوليو 1973 .
بينما دشن مثلث الرحمات البابا شنودة الثالث المذبح الرئيسي للكنيسة باسم القديس مار مرقس يوم 11 يناير 1981 م.
وزار قداسة البابا تواضروس الثاني الكنيسة الأربعاء 9 سبتمبر عام 2015 لإلقاء عظة اجتماع الأربعاء الأسبوعي لقداسته، فيها قبل أن يقوم بتدشين مذبحين وحامل الأيقونات وشرقية الهيكل بها اليوم.
