وقد أنشئ المجلس الأعلى لمراكز ومعاهد البحوث طبقاً للقرار الجمهورى رقم 488 لسنة 1991 ليقوم بالتنسيق والربط وإصدار اللوائح المشتركة بين المـراكز والمعاهد أسـوه بالمجلس الأعلى للجامعات، وصدر القرار الجمهورى رقم 378 لسنة 1998 بإعادة تنظيمه برئاسة وزير الدولة لشئون البحث العلمى وعضوية رؤساء المراكز والمعاهد والهيئات البحثية التابعة له بالإضافة إلى أمين المجلس، الذى يعين بذات الشروط والضوابط التى يعين بها أمين المجلس الأعلى للجامعات حيث يقوم بأعمال أمانة المجلس والإشراف على الأجهزة التى تتكون منها الأمانة وتصريف شئونها الفنية و الإدارية و المالية، وتتركز رسالته في التنسيق وإقامة نظام فعال ذو كفاءة عالية للمعاونة فى تعظيـم الأداء وتجانس العمـل وتكامله بيـن مـراكز ومعاهد البحوث والمساهمة في إتاحة وتأكيـد القـدرات وتوجيهها فـي سبيل التنمية وتحقيق أهداف التنمية على المستوى القومي.
