ينص القانون رقم 209 لسنة 2020 الخاص بإصدار قانون إعادة تنظيم هيئة الأوقاف المصرية على أن مجلس إدارة الهيئة هو السلطة العليا المهيمنة علي شئونها، وله أن يتخذ ما يراه لازمًا من قرارات لمبـاشرة اختصاص الهيئــة لتحقيق الغـــرض الذي قـــامت من أجـــله، وله علي الأخص رسم السياسة العامة لإدارة واستثمار أموال الأوقاف لتحقيق أقصي عائد ممكن علي الأسس الاقتصادية السليمة، ووضع النظم الكفيلة بتنمية إيرادات الأوقاف، وتحصيلها بصفة منتظمة، وصيانتها المستمرة، وفيما يلى نستعرض مصير صافى الإيرادات الخاصة بالأوقاف الخيرية كل عام وفقا لما ورد في التشريع.
تقوم الهيئة بإنشاء حساب سنوي خاص لإيرادات ومصروفات كل وقف من الأوقاف التي انتهت، وكذلك الأوقاف المشتركة والأوقاف الخيرية.
تقوم الهيئة بإنشاء حساب ختامي متضمنًا إجمالي إيرادات ومصروفات الأوقاف الخيرية التي تحت إدارتها وبيانًا بحساب أموال البدل.
ترسل هذه الحسابات إلى وزارة الأوقاف مع صافي الإيرادات المستحقة لها في نهاية العام المـالي.
تمسك الهيئة حسابًا منفصلاً بالاحتياطيات، ومصاريف الإدارة والصيانة، وذلك كله بما لا يتعارض مع الأحكام المنظمة للهيئات العامة في هذا الشأن.
يكون للهيئــة موازنة مستقلة تعد على نمط موازنات الهيئات الاقتصادية.
تبدأ السنة المالية للهيئة مع السنة المالية للدولة وتنتهي بنهايتها.
يكون للهيئة حساب خاص لدى البنك المركزي.
كما يكون لها الحق في فتح حسابات تجارية لدي البنوك الأخرى الخاضعة لإشراف البنك المركزي، وذلك بعد موافقة وزارة المالية.
