تعد الكلية الإكليريكية أهم المراكز العلمية لإعداد خدام مكرسين وكهنة، وهى بالنسبة للكنيسة بمثابة العمود الفقرى الذى ينتصب به الجسم .
وحينما جاء البابا كيرلس الرابع المعروف بأبو الإصلاح حيث مهد لإنشاء مدرسة إكليريكية لتعليم رجال الدين في الفجالة سنة 1862 ثم بعد ذلك فتح مدرسة إكليريكية سنة 1874.
وما أن جاء البابا كيرلس الخامس ففتح الإكليريكية الجديدة التى لم يستطع سلفه أن يكمل العمل فيها وعهد بإدارتها إلى القمص فيلوثيئوس إبراهيم علم الدين الذي كان عالمًا لاهوتيًا شهيرًا ولكن هذه النبتة لم تستمر كثيرًا إلا بضعة شهور، وفتحت الإكليريكية من جديد سنة 1892، وبعد رحيله عين الارشيدياكون حبيب جرجس أستاذًا ثم مديرًا لها ثم بعد وفاته صار القمص إبراهيم عطية مديرًا لها حتى 30 سبتمبر سنة 1962 حيث رسم قداسة البابا كيرلس السادس القمص انطونيوس السرياني أسقفًا للمعاهد الدينية والتربية الكنسية باسم "نيافة الأنبا شنودة" وصار للإكليريكية أسقفاً ودخلت بذلك المجمع المقدس وأخيرًا رجعت الكنيسة إلى عصورها الأولى حيث مدير الإكليريكية يصير بطريركًا كتقليدها القديم في 14 نوفمبر 1971.
وجلس الأنبا شنودة أسقف الإكليريكية على السدة المرقسية باسم (قداسة البابا شنودة الثالث) وأصبح أبو الآباء وراعي الرعاة وراعي الإكليريكية الأكبر.
